Die herkömmliche Elektrophoresis-Trennungsmethode basiert auf der Größe und der Anzahl der geladenen Moleküle, während TGGE einen neuen Trennungsparameter hinzufügt, nämlich die molekulare Konfiguration. Die Konfiguration des Moleküls hängt von der sekundären und tertiären Struktur des Moleküls ab und wird von externen Faktoren wie Temperatur, Salzkonzentration und pH beeinflusst.
Die herkömmliche Elektrophoresis-Trennungsmethode basiert auf der Größe und der Anzahl der geladenen Moleküle, während TGGE einen neuen Trennungsparameter hinzufügt, nämlich die molekulare Konfiguration. Die Konfiguration des Moleküls hängt von der sekundären und tertiären Struktur des Moleküls ab und wird von externen Faktoren wie Temperatur, Salzkonzentration und pH beeinflusst. Die stabile Konstruktion wird durch Wasserstoffbindungen und Van der Waal-Kräfte aufrechterhalten, die Temperaturerhöhung auf einen bestimmten Grenzpunkt kann Wasserstoffbindungen und Van der Waal-Kräfte zerstören, Moleküle sind gabelförmig und die Migrationsrate sinkt deutlich, die Temperatur wird als Transformationstemperatur (Tm) bezeichnet. Für DNA-Moleküle mit demselben Molekulargewicht variiert die Degenerationstemperatur (Tm) je nach Sequenz. TGGE nutzt die Unterschiede in den Tm-Werten, um festzustellen, ob es Unterschiede in der molekularen Sequenz gibt. TGGE Elektrophoresis kann nicht nur DNA/RNA isolieren, sondern auch Daten zur DNA/RNA-Sequenz oder zur Proteinstabilität liefern.